Проблему частично решил отключением InnoDB в my.conf. Теперь MySQL не падает.
Но Host-tracker.com по прежнему выдает HTTP 500 при анализе сервера практически с любой точки.
Сайт не падает, падает только сервер MySQL. Подключиться к нему после этого нельзя — он просто выключается. Будто «service mysqld stop». Количество подключений — сейчас посмотрим.
.