Варнинги правильные. Прочитайте, что написано и исправляйте.
Segmentation Fault не доходя до main?
Не думаю, что не доходя до main. Скорее просто прога падает, не успевая зафлашить буфер stdout (добавьте \n к строкам, после этого должно выводить сразу).
struct win **window;
printf("here");
initwin(*window, 100, 100, default_display);
Кто выделяет память под window?
