Prihod

в excel: вкладка Данные -> Из текста -> открываешь файл -> в выпадающем списке "Формат файла:" выбираешь UTF-8 (он будет почти в самом низу списка)

<?php

$str = '`&tpl = @FILE root / resources / mychank.tpl`';

// Вариант 1 (самый банальный)

$res_str = str_replace(' / ', '/', $str);

print_r($res_str);

// Вариант 2 (импровизация)

$res_str = implode('/', array_map('trim', explode('/', $str)));

print_r($res_str);

// Вариант 3 ( регулярка:) )

$res_str = preg_replace('#\s+/\s+#isu', '/', $str);

print_r($res_str);

UPD:
Щас сижу читаю вот это:

Есть строка `&tpl = @FILE root / resources / mychank.tpl` в корой нужно удалит пробелы перед и после / с учетом того, что / должы находится в внутри `` которое содержит @FILE

К чему это условие (выделенное жирным), если изначально у тебя это и есть вся строка, исходя из:

Есть строка `&tpl = @FILE root / resources / mychank.tpl`

Т.е. получается эта "строка" может находится среди других данных? Или как? Ну т.е., например:

абракадабра / сым-салабым / чудо-юдо `&tpl = @FILE root / resources / mychank.tpl` / тырым-пырым / хали-гали

UPD2:

<?php

$str = 'абракадабра / `&tpl = @NOFILE root / resources / mychank.tpl` /сым-салабым / чудо-юдо `&tpl = @FILE root / resources / mychank.tpl` / тырым-пырым / хали-гали';

function trimSlashes($str) {
    
    // Тут любой из вариантов, которые выше...в данном случае "взяли" третий, чтобы было всё на "регулярках" :)
    return preg_replace('#\s+/\s+#isu', '/', $str[0]);
}

$res_str = preg_replace_callback('#`[^`]+@FILE[^`]+`#isu', 'trimSlashes', $str);

print_r($res_str);

Результат:

абракадабра / `&tpl = @NOFILE root / resources / mychank.tpl` /сым-салабым / чудо-юдо `&tpl = @FILE root/resources/mychank.tpl` / тырым-пырым / хали-гали

P.S.: Правильно составленный вопрос - половина ответа...