Pparma

Было бы неплохо увидеть код которым вы перемещаете игрока. На вскидку: не задавайте положение игрока напрямую, а перемещайте его в FixedUpdate методами предусматривающими наличие физики.

Посмотрите любой туториал по обработке столкновений коллайдеров.
И монетки лучше не удалять, а прятать и потом повторно использовать. Постоянная генерация и удаление однотипных объектов - бесполезная нагрузка.

Зависит от сложности ("тяжести") игр. Можно продолжать держать в одной сцене. Можно подгружать префабами. Можно сделать разные сцены - загружать/выгружать аддитивно или переходить между сценами.
Зависит от того какую цель ставите перед собой.