Таки отправлять цель в момет когда яндекс касса сообщает об оплате. Посмотреть серверную реализацию подобного можно этом https://github.com/hcodes/server_yametrika репозитории, ну либо его и использовать.
Лучше выбрать готовое решение, которое максимально подходит под ваши текущие требования. А по приложениям можно воспользоваться сервисами, которые дают в аренду свою платформу, а вы им только xml с вашими товарами.
