Это было именно обновление, или установка чего-то, возможно, с изменением источника пакетов?
В качестве теста можно попробовать создать нового пользователя, зайти под ним и посмотреть, не появились ли панели и прочее.
вообще-то отображение открытых окон - это не отдельный плагин, а встроенный функционал.
Попробуйте удалить файлы в ~/.config/xfce4/panel - может, с ними какие-то проблемы.
Да, тоже самое, без изменений.