Думаю под знанием linux подразумеваются базовые знания пользователя, такие как:
- отличие наименования файлов (case-sensitive, slash), символьные ссылки, как работают права доступа, как запускаются скрипты.
- основы шела, путешествие по файловой системе, основные команды (типа ls, mkdir, mv, rm, grep, tail, head, и т.п., пайпы и редиректы, sleep и bg процессов)
- представлять, что такое процесс, базовые вещи по управлению ими (ps хотя бы).
- что такое крон, как им управлять.
Насчет управления пакетами.... не знаю, имхо это не обязательно. Ну если ты растешь сам по себе, наверное все-равно такие вещи узнаешь, но для приема на работу не должно быть серьезным критерием - подготовка среды разработки - задача не разработчика, а девопса или на худой конец тимлида.
