Есть такой вариант:
comment связать через "один ко многим" и с question и с answer, фореигн кеи при этом указать как NULLable.
Пример:

CREATE TABLE comment (
CId INT PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT,
fQId int(11) NULL,
fAId int(11) NULL,
FOREIGN KEY (fQId)  REFERENCES question (QId),
FOREIGN KEY (fAId)  REFERENCES answer (AId),
)

Если коммент относится к вопросу - fAId будет NULL, если коммент относится к ответу, fQId будет NULL.

Данные вызывать можно, с помощью джоинов, пример:

select comment from question join answer on QId=fQId join comment on AId=fQAId where QId='value'

Код выше, по идее, выберет запрашиваемый вопрос, ответы к нему, и комментарии к каждому ответу.