Если запрос вида Post::with('author'), то можно в контроллере, если запросы сложные, то выносить их в
сервисы.
В моделях писать запросы не нужно, модели для настроек связей, скоупов и тп.
как использовать QUERY SCOPES
Query scopes можно использовать в любом месте. Например:
Post::with('author')->customConditions()->get();