Стандартным git консольным все конфликты при merge разруливаются. Всё что может git сливает сам. А там где разногласия делает пометки в файле типа вот так в твоей ветке вот так в мастере. Дальше руками убираешь пометки, и делаешь как должно быть. Сохраняешь git add . Коммитишь git commit -m "merge commit" и всё.
Не знаю ответа на ваш вопрос. Но знаю кто знает :) На hexlet есть какая то консоль из браузера для выполнения заданий. Она вполне полноценно работает. Можно у авторов в слаке узнать как у них это работает. У них это крутится в докере. Так что подозреваю секрет именно в этом.
