Такое бывает если на диске имеются битые сектора. Когда чтение с диска попадает на сектор который не читается, активное время взлетает на 100%, а данные не читаются и не пишутся. Так будет длиться некоторое время, пока система не "бросит" его читать, потом все будет нормально работать, но как только снова нарвется на не читаемый сектор история повториться.
Протестируйте диск на битые сектора, например программой Victoria. Лучше не из Windows и с загрузочного CD-DVD, так как система может обращаться во время тестирования, что искажает результаты.
Если будут найдены битые сектора, можете их устранить. Выберите в программе стереть, данные в нем все равно уже потеряны, а сектор после стирания может восстановиться и работать дальше без проблем. Часто если в сектор пишутся данные и происходит сбой (питание пропало), сектор не дописывается и при следующем его чтении уже не читается. Если его стереть, то можно будет снова писать.
Если же стирание не поможет, можете выбрать в программе переместить сектор, тогда сектор переместиться в спец область и к нему доступ закроется.
Как работать с программой найдете в Интернете, статей много.

Может быть какое то приложение, может что то с виндой, может и шлейф, но может и нет.
Если на ноуте есть VGA разъем можно подключить монитор и проверить. Если на мониторе при переходе во весь экран монитор погаснет, шлейф можно отбросить, так как данные на монитор через шлейф до матрицы не поступают. Если монитор работает нормально, а матрица гаснет, то возможно шлей и стоит посмотреть.
Если это с программным обеспечением проблема, можно попробовать загрузиться с загрузочного диска и посмотреть как он себя ведет. Хотя это не 100% способ проверки, возможно на стандартном драйвере и будет все хорошо, а вот на родном имеются сбои.
Ну и еще вариант, если после включения он сначала работает нормально, а через время начинает моргать, то тут возможен нагрев видеокарты, в обычном еще работает, а в полноэкранном чего то там в ней не работает.