Отвечу не популярно и даже радикально. Расширение прототипов существующих объектов - это собственно основа наследования в языке. Поэтому полагаю, что с точки зрения "анатомии" самого языка такой подход более чем правильный.
Однако в реальной жизни это рождает больше проблем, чем дает решений. А методика "оборачивания" объектов, аля jQuery, выглядит более безопасно в целом и частности.
Вообще похоже что никто так и не разобрался как "готовить" прототипное наследование и какие у него преимущества. Поэтому js в итоге скатился на самопальные "конструкторы", а в новом стандарте теперь и классы.
