PaulJE

Собственно тебе нужен сделать внедрение через DI, сам провайдер ведь описан у тебя в сервисах? Ну так и инжектируй в него менеджер сущностей.
Получиться нечто такое:

private $_em;
public function setEntityManager(EntityManager $em) {
    $this->_em = $em;
}

public function authenticate(TokenInterface $token)
{
    // Тут вышеописанная рутина
    $this->_em->persist($user);
    $this->_em->flush();

Смотря что подразумевается по скрещиваением. Symfony весьма гибкий продукт, и есть возможность вытягивать из него отдельные компоненты для внедрения в свое приложение. Но я как понимаю вам нужно решение для администрирования сущностей, аля CRUD для всего и вся? На базе Symfony можно использовать автогенерирование моделей по схеме из БД и прикрутить какой нибудь SonataAdminBundle