Иван Феофанов

Свечи, шампанское, цветы.......

извиняюсь. не смог удержатся...

$scope доступен только внутри контроллеров и link-функций директив. И фильтр должен быть не жестко завязан на какую-то переменную. Вы должны ее передавать в фильтр. Если я правильно понял, то нужно так:

.filter('addIngrFilter', [function() {
    return function (items, item){
      var filtered = [];
      items.forEach(function(items){
        if(items.indexOf(item.id)<0){
          filtered.push(item);
        }
      });
      return filtered;
    };
  }]);

<div>{{dishIngredientsIndexes | item_for_exclude}}</div>

А вообще, познакомьтесь с Underscore.js

Смотря как собираетесь масштабировать в дальнейшем. Второй способ предпочтительнее, так как вы получаете чистые данные и в дальнейшем сможете работать с ними как угодно (фильтры, сортировка и пр.)