Не совсем понятно что за конфиги имеете в виду, но в общем виде это выглядит примерно так:
1. Инициализировать новый git в папке prod
git init
2. Связать локальный гит репозиторий с удаленным
git remote add origin <url to remote repository>
3. Добавить .gitignore (и заполнить его как вам нужно), добавить файлы для трекинга, commit

touch .gitignore
git add .
git commit -m 'first commit prod'

4. Сделать pull всех файлов с удаленного репозитория
git pull
5. Решить все конфликты merge если такие возникли.
6. Затем можно пушить все на удаленый репозиторий
git push