после git init, git remote add файлы в директории пока что не являются отслеживаемыми гитом (можно проверять с помощью git status). т.е. вам надо их добавить используя заклинание git add .
после чего они гит начнет отслеживать изменения в них. затем вам нужно сохранить их состояние написав git commit -m 'I want to save my prod state'
Этот коммит пока что можно не заливать на удаленный репозиторий и он будет лежать у вас локально. Но тогда, когда вы сделаете много изменений и потом захотите обновить прод и вдруг возникнут конфликты то решать их придется руками в консоле на сервере, что ужасно неудобно. Для того чтобы этого избежать, лучше сразу залить его, пока он идентичный состоянию удаленного репозитория написав git pull а затем git push. Если все пройдет гладко, то все последующие обновления вы будете делать просто не задумываясь вбивая git pull и все.
п.с. если что то пойдет не так то вы всегда можете откатить изменения на прод сервере к тому первому коммиту ;)
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.