Да никак. В это парсере локальных баз от 2GIS как минимум 3 косяка выявил коллегиальный разум:
1. синтаксис - в файлах php 5 тупо нет тегов <?php .... ?>;
2. нет файлов от Composer, к счастью пока ещё можно закинуть в корень проекта composer.phar и в консоли севера выполнить
php D:\LocalStorage\www\composer.phar install он сам поставит старый пакет Excel;
3. пропишите в шапке convert.php
set_time_limit(0);
ini_set('max_execution_time', 0);
ignore_user_abort(true);
ini_set('memory_limit', '3072M');
(хотя я видел как он и 4,6Гб слопал - не подавился), увеличьте файл подкачки ОС, используйте 64-bit версии ПО, отключите антивирус и всё стороннее. Когда получите "Out of memory" в браузере - смотрите нагрузку в "Диспетчере задач" на Apache, пока не упадёт до ~500Мб и/или 1% процессора, то он ещё распарсивает и будет создавать файлы с нумерацией (у меня Мск на 13 файлов по 50к строк вышла).
P.S. файлы для парсинга лучше переименовать в стилистике тестового файла, он тогда за собой темпы не чистит, но хоть кэш не забивает и не умирает.