Вы упёрлись в ограничение rm Воспользуйтесь find.
find /path/to/folder -name "*" -type f -print | xargs /bin/rm -f
В этом случае find будет передавать на вход rm файлы по одному и затыки пропадут. Можете ещё попробовать к xargs ключ -P x где x -- количество одновременно удаляемых файлов. Поставьте по количеству ядер процессора, например. -P 0 автоматически будет запускать максимально возможное число процессов.
