Если у вас UEFI система, то в обязательном порядке должна существовать точка монтирования /boot/efi указывающая на EFI раздел. Вы так делали? Давно не ставил убунту, но если там есть пункт установки os-prober то его тоже ставить в обязательном порядке, что-бы grub-mkconfig подхватил загрузчик винды. Куда вы будете ставить сам граб при этом совершенно не важно.