Как удалять плагины вместе с их таблицами и колонками в таблицах?
Удалять только через удаление плагина в админке вордпресс. Или через WP CLI. А вообще на прод ставят плагины проверенные, которые точно будут использоваться.
Для экспериментов и проб и тестирования плагинов используйте тестовую площадку.
Также плагин может не удалять за собой через менеджер плагинов. Причины 2:
Автор забыл - обратись к автору с просьбой подчищать за собой.
Или есть отдельная настройка "удалить все данные из базы" - обратись к автору или к документации.