Opser

Мой выбор остановился на NextCloud (но я скажем так "корпоративный" пользователь).
Плюсы.
1. Как правильно замечено хранит файлы, как файлы. Т.е. бэкапы и синхронизация нормально работают сторонними средствами.
2. Развивается постоянно. Новые аддоны, версии и т.д.
3. Изменение интерфейса "из коробки". Всякие обои, логотипы и т.д.
4. На моей связке Core2Duo E4500, 8Gb, 250SSD, 8TB Raid1 (хранилище). Ubuntu 16.04, Apache2, MariaDB - летает.
Тормозит при первом логине и смене настроек на просмотр файлов. 50+ пользователей (активных).
5. Мне как корп пользователю LDAP приятен (настройка правда через опу).

Минусы.
Ыыыы. Пока не вижу таких больших чтоб о них писать.

Ubuntu 16.04 + Apache2 + MariaDB + PHP7. Полет нормальный.
Но как всегда есть но. Установлен сертификат от Let encrypt и похоже все дело в нем.
Не подключаются клиенты кроме как через браузеры.
Вообще никак. Ни через Http ни через https, зависает на стадии проверки имени\пароля.