Однако я пока не понял, можно ли использовать это всё сразу?
Можно.
Использовать pixi js как движок графики (анимации там), html+css3 и логику на JS - вместе, то есть соберет ли это всё Phonegap в единое приложение?
Соберет.
Или лучше для этого использовать что-то другое?
Если действительно требуется высокая производительность на мобильных, то лучше использовать что-нибудь другое (например Unity). Если высокая производительность не требуется или игра делается просто для себя, то пойдет и эта связка. Из минусов этого решения, которые стоит учитывать:
- На слабых устройствах будет работать медленно
- На старых андроидах игра может не запуститься или работать скверно (т.к. используется встроенный WebView без поддержки WebGL, либо с кривой реализацией WebGL)
