Если в строках 1,6,7 будут символы которые CMD воспримет как управляющие то получится фигня, если таких символов нет то
@echo off
set LOG=log.log
for /r %%a in (*.pdf) do call :process "%%~na"
exit 0
:process
set f=%~1
set p="%f%.pdf"
set t="%f%.txt"
pdftotext %p% %t%
for /f "tokens=* delims=" %%a in (%t%) do set s=%%a&goto n1
:n1
for /f "skip=5 tokens=* delims=" %%a in (%t%) do set s=%s% %%a&goto n6
:n6
for /f "skip=6 tokens=* delims=" %%a in (%t%) do set s=%s% %%a&goto n7
:n7
echo OLD=[%p%] NEW=[%s%.pdf]>>%LOG%
copy %p% %s%.pdf
goto :eof