Все равно у меня так не работало.
Разобравшись не трудно было понять, что файл почему-то не отображался в директории, хотя перед тем входил в папку с файлом через cmd. Возможно кому поможет мой вариант:
pyuic5 D:\folder\name.ui -o D:\folder\name\name.py
Нужно просто дописать директорию.