Oihoo

Файл shp приложите посмотреть.

У Вас кажется промышленный коптер.
Кто съемку вел? Вы или нанимали?
Обработка там должна быть программная в координатах и на подложках.

Тут попробуйте вопрос задать
https://geodesist.ru/forums/dji.203/

https://geodesist.ru/threads/nastrojka-rtk-na-phan...

https://topodrone.ru/downloads/

1 что вы делаете? Цель работ какая?
2 где происходила съемка? На публичной карте место покажите кадастровый квартал или район?
3 с shp файлами можно работать в автокаде или в мапинфо.
4 вы через python пытаетесь заменить платные программные продукты?

Повторюсь. Цель полетов какая конкретно? Что снимали? Что искали?

Все наоборот стремятся из картинки получить координаты с максимальной точностью до сантиметров.

А у вас координаты есть.

Берите координаты привязывайте их на местность (на картинку или подложку) и по координатам измеряйте пиксели.

Цель полетов какая конкретно? Что снимали? Что искали?

Не выходит

Вышло бы только в случае ориентированного по сторонам света прямоугольника (т.е. верх строго на север, низ строго на юг, право строго на восток, лево строго на запад).

Если размер карты небольшой и кривизной земной поверхности можно пренебречь,

...то можно использовать аффинное преобразование.
https://www.google.com/search?q=аффинные+преобразо...
Также можете посмотреть более сложный метод.

Я писал такой алгоритм, вернее код на C++, но это было примерно 20 лет назад. На досуге попробую поискать в залежах хлама на дисках, но пока ничего не обещаю, так что возможно, вы разберётесь и напишете быстрее, чем я найду. :)