Игры какие? Steam? Он, кажется, и так в каталог пользователя ставится.
Программы "размазываются" по разным папкам. В основном, в /usr. Если их ставить правильно, через apt или synaptic. Или что там в Минте.
Рекомендую посмотреть в сторону LVM и lvmcache. Или btrfs.

Я думаю, лучше изучать на практике: Виртуальная машина + маны + арчвики(как одна из самых полных)+гентувики.
Зависит от того, что конкретно хотите изучить.

Если достаточно консоли и работы с файлами "без рабочего стола", то Radmin, psexec или telnet