Можно сделать грид сетку для шапки, где будет 3 колонки (auto [ширина лого] auto), где навигация будет занимать с первой по последнюю колонку первой строки. А лого будет занимать вторую колонку. Схему же навигации повторить, чтобы образовалось негативное пространство под лого, где оно должно быть.
Скорее всего потребуется пошаманить с событиями мышки (это описывается на уровне CSS), снимая отлов событий с контейнеров элементов и присваивая их вложенным.
