NonRealDeveloper

Почему бы не добавить пользователя от которого работает nginx в группу от которой работает ваш mercurial? Вы ведь именно этого хотите.

Чудес не бывает. Смотрите chmod, chown, acl, apparmor, selinux. Так же энджайникс не всегда ходит по симлинкам и хардлинкам, условия я уже не помню.