У вас сейчас подходящая структура для хранения. Если стоит задача находить магазин с минимальной ценой по товару, то ваша структура будет прекрасно справляться.
Но "быстро и эффективно можно было построить список для сравнения цен" - это не то же самое, что городить таблицу на 500 столбцов, которой невозможно пользоваться на практике. Результат для просмотра человеком, как правило, должен быть более агрегирован.
