Danya Kholodny

Как буду называться файлы - не важно.
Главное - как будет реализована логика:

• через URI-роутинг (GET)
  
• через POST-параметры
  

Лучше сделать роутер и на его основе - сделать ветвление на отдельные функциональные приложения: профиль, оплата и т.д.

Вот тут можно схемку посмотреть.

1) Четкая структура приложения, чтобы все модули работали по единой схеме(смотреть MVC как самую распространенную для пыха и самая понятная для новичков)
2) Объекты, почитать про solid и другие grasp.
3) Единая точка входа и понятный вменяемый роутинг
Тогда и только тогда разработка превращается из адского ада в приятный процесс написания красивого кода и обдумывания самых удобных/быстрых решений, вместо карябанья тонн фикалокода и тысяч строк дублей.
Ну и смотрите как что написано у серьезных проектов, гляньте внутрь какого-нть ларавел и фэтфри для начала.

Лучше ООП для такого еще ничего не придуали

Стиль пьяного девелопера Вам идеально подойдет! :)

Лучше иметь модульность. Лучше иметь правильный маршрутизатор. Лучше иметь какую-то структуру, например MVC. Лучше придерживаться каких-то принципов, например ООП. Лучше не писать спаггети-код.

Еще лучше - заглянуть в простенький фреймворк или популярную качественную CMS и изучить как устроено там и подумать как это можно применить у себя.

И вопрос очень туманный с множеством неизвестных. Скорей всего советы, которые будут даны, не дадут ответ на Ваш вопрос "как лучше".