Да, анимация влияет на transform. Если в анимации была затронута позиция, то тогда объекту будет всегда присваиваться данные из анимации, чтобы этого избежать, нужно создать новый объект, который будет родительским для текущего с анимациями и двигать именно родительский объект.
- ParentObject (двигать через скрипт)
-- Player (имеет анимацию)