Из API :
"Приведенные ниже параметры передаются приложению:
как параметры запроса для HTML-приложений
как flashvars для Flash-приложений"
При добавлении ставишь галочку html/swf. Как можно было понять по вопросу в этой теме для wmode = direct придется использовать html а параметры передать через JS.