Станислав Макаров

Вы должны передать openssl все необходимые данные в ком. строке, например, ключ -subj и ключи -passin и -passout для указания паролей для файлов приватных ключей. Все остальное, если оно у вас не изменяется (а у вас видимо будет меняться только субъект), можно спокойно указать в openssl.conf, в easy-rsa есть пример конфига. Указать другое имя конфиг файла можно для любой из openssl команд ключом -config.
А, да, еще почитайте про опцию -batch https://www.openssl.org/docs/manmaster/apps/ca.html , возможно она тоже пригодится.

Армянское Радио абсолютно прав, если у вас маршруты настроены как надо, то нужный траф и так пойдет по vpn, а если не как надо - то их надо настроить. Это обычно делается независимо от приложений, которые будут общаться по сети, это делает администратор либо в конфиге openvpn, чтобы последний отдавал нужные роуты клиенту при подключении, либо вручную в каком-нибудь батнике, который юзер запускает после подключения.

Отдельный вопрос, если вы хотите управлять маршрутами из вашей программы. Это возможно, но я сильно не уверен, что вам это нужно. Обычно такое нужно если у вас много различных конфигураций vpn и вам нужно по какому-нибудь хитрому алгоритму без участия юзера выбирать, по какому vpn-каналу отправлять трафик.