В плагине можно сделать всё не трогая тему, в том числе добавить шорткод.
Проверьте, что ваш плагин активирован и функция true_url_external доступна.

См. фильтр wp_nav_menu_objects.

Пример:

add_filter('wp_nav_menu_objects', function ($items) {
    foreach ($items as $item) {
        if ($item->url == 'https://example.com/page1/') {
            $item->url = 'https://example.com/another-page/';
            // Или вариант для удаления ссылки:
            // $item->url = null;
        }
    }
    return $items;
});