Вам предлагают удобный инструмент , который покрывает огромное количество задач по работе с базой данных. Но, так же дали возможность писать свои запросы, так в чём проблема использовать это смешанно?
Например если какую-то узкую задачу нельзя решить стандартным набором ларавеловских функций, по работе с БДч то почему бы не использовать какой-нибудь рукописный вариант?
Laravel очень гибкий инструмент