Решилась проблема, магия в общем :) После того, как восстановил загрузчик windows, на следующий день решил попробовать еще раз поставить grub по первому способу, в конце опять было предупреждение, но после перезагрузки открылся Grub с выбором ОС.
UPD: установил другой образ elementary OS, более старую версию, нашел у себя на компе случайно, встала отлично с grub. Так что если у кого-нибудь будет такая проблема, то или пользуйтесь инструкцией
восстановление GRUB или ставьте другой образ ОС.