Так как нет точно лога ошибки, то могу описать как встречался с такой проблемой давненько.
как то давно получал проблему что демон mysql ложился. оказалось что когда много подключений - то база открывает много сокетов и потом уже все...
после долгого изучения сайта highload понял что была проблема в конфигом базы. Вообще получилось воссоздать ошибку - просто держишь F5 на сайте который дергает базу. и через 30 сек я получил ошибку..
решил тем что поставил percona - это уже настроенная кажется MariaDB. и она работает стабильно и быстрее.
еще можно натюнить - есть такой скрипт на перле. очень крутой
https://github.com/major/MySQLTuner-perl 
