Рекомендую сначала выбрать производителя контроллеров. Сам начинал с контроллеров фирмы Atmel по причине огромного количества литературы, примеров и т.д. Позже можно будет перейти и на другие контроллеры.
Кроме того нужно выбрать оболочку для программирования. Для Atmel начинать лучше с CVAVR, там и примеры есть и автоматически пишутся куски кода.
Далее нужно будет купить все необходимое, освоиться с прошивкой выбранного МК программатором и вперед, разработать часы и т.д.
Из книг советую классику:
Белов А.В. "Самоучитель разработчика устройств на микроконтроллерах avr",
Голубцов М.С. "Микроконтроллеры AVR. От простого к сложному"
Неплохой курс здесь www.proavr.narod.ru/01.htm