Есть вариант через JBE, но думаю это слишком муторно. Если говорить об моде Industrial Craft 2, то аддоны к нему и моды с ним работающие часто проверяют его контрольные суммы, потому так изменить его не получится. Насколько я помню есть возможность через аддон после добавления в Forge удалить рецепты и предметы. С кодом не помогу, с IC2 дела не имел.