Анита Скоморохова

$('.navigate a').bind("click", function(e) {
        var anchor = $(this);
        $('html, body').stop().animate({
            scrollTop: $(anchor.attr('href')).offset().top - 109
        }, 1000);
        e.preventDefault();
    });

scrollTop: $(anchor.attr('href')).offset().top - 109 // высота шапки
Если высота не фиксированная, считайте через jQuery и подставляйте.
https://jsfiddle.net/webirus/q43x4m93/