У microsoft плохие взаимоотношения с linux, по любому поводу она легко затирает загрузчик. Linux умеет запускать windows но не наоборот.
Наиболее простое и правильное решение - разместить grub на другом физическом диске, хоть флешке, сам же linux root разместить можно где угодно, хоть в файле на ntfs (была и такая форма установки чуть ли не дефолтная для поиграться, само собой неэффективная но рабочая)
