thunderbird уже давно имеет встроенную поддержку сквозного шифрования сообщений, настраивается в настройках аккаунта (OpenPGP или S/MIME), это стандарты, должно работать прозрачно для пользователя даже при использовании других почтовых менеджеров их поддерживающих (да все популярные это должны поддерживать типа microsoft outlook или the bat)