Если приложение электронного ключа не поддерживает работу в терминальном режиме, а так бывает, то можно посмотреть на наличие контейнерной версии приложения. Если и её нет, то, скорее всего, вам придётся перейти от режима терминального доступа к VDI, по крайней мере для тех пользователей, которые используют это приложение.