NamnaR

во первых битрикс не работает с третьей версией, во вторых эти таблицы заполняет битрикс а не сфинкс и он тут не причем.

сфинск плох своей элитарностью, нужно быть с ними в теме чтобы понимать, что разрабы закодили, но забыли универсализировать / документировать

проще будет написать на форум
или почитав

both 'sphinxdata' and config file '/home/user/sphinxdata/sphinx.conf' exist;

что-то изменить
имя папки например

На версии выше битрикс врятле запустится, я долго пытался, удалось настроить именно только на 2.2.9, сейчас работает все нормально, но возился дня 2-3
И ещё один нюанс, битрикс выдает конфиг файл именно под 2.2.9, под 3 версию он не будет работать, скорее всего из-за этого у Вас и ошибка, что конфиг не читается из-за старых данных

А сайт недавно не был перенесен с помощью бекапа? Там при создании бекапа есть настройка
Исключить из базы данных:

• статистику
  
• поисковый индекс
  
• журнал событий
  

Попробуйте зайти в Настройки > Поиск > Переиндексация поиска и нажать "Переиндексация". Данные появились?

Про настройки модуля можно почитать тут