Итого, все оказалось проще, хоть и все равно непонятно.
Перенес все классы, содержащие @XmlAnyElement в другой package и, как следствие, другой XML-namespace, по отношению к классам @XmlRootElement.
И все завелось, wsdl сгенерировалось и работает без проблем. Магия какая-то.
