Насколько помню, Oxidized не поддерживает версионность output'а в файлаx, но поддерживает в git
Исправь в конфиге output на git
sudo nano ~/.config/oxidized/config

output:
  default: git
  git:
      user: Oxidized
      email: oxidized@example.com
      repo: "~/.config/oxidized/oxidized.git"

После перезапусти его
sudo systemctl restart oxidized

Ну и ссылка на референс конфиги с их гита:
https://github.com/ytti/oxidized/blob/master/docs/...