По поводу все делать или отдельные модели - легче отдельные) более гибко будет. переделать одну подправить. передвинуть, переиспользовать в другой сцене/проекте) так что обычно собирают из "конструктора" в самой юнити.
если сильно удобнее вам в 3д редакторе работать - то можете там расставить объекты и дополнительно эдакий макет закинуть. чтоб под него части "конструктора" ставить. и макет на промежуточных этапах можно еще согласовывать. где как заведено.
про настроику и запуск анимации - тут тоже смотря на кого возложили компетенцию. обычно какой то драфтовый вариант (посмотреть пропорции, найти косяки и тд) собирает сам художник. а уже правильный анимации, логика сцены, эффектики и тд - это уже кто-то больше знакомый с движком.
на практике же зачастую кто-то знакомый с движком - сам художник, и пока не дойдет прям до логики и программирования, будь добр лепи))
мометы перехода/совмещения от 3д моделер - дизайнер(уровней и вообще) - аниматор - дизайнер эффектов и освещения и тд и тп. зависит по большей части от ваших знаний, умения это делать и размера оплаты))
