Проблема была во временной зоне в файле /etc/php/7.0/cli/php.ini.

При выполнении из браузера используется файл /etc/php/7.0/apache2/php.ini (который был сконфигурирован и время было корректное)
А при запуске через cli (php /var/www/glpi/front/cron.php --force queuednotification) используется
/etc/php/7.0/cli/php.ini (который использовал другой часовой пояс)
Второй файл (/etc/php/7.0/cli/php.ini ) не был изменен при настройке сервера, и единственное что я поменял в нем в итоге, это "date.timezone = ". установил свой часовой пояс.

Все это происходит на Debian GNU/Linux 8.11 (jessie).
По мотивам: https://www.opennet.ru/openforum/vsluhforumID8/785...