N1nja

Отвечу сам себе, надо подправить config.php, а именно добавить

'appstoreenabled' => true,
  'appstoreurl' => "http://api.apps.owncloud.com/v1",
  'appcodechecker' => true,

Потом ставим как обычно
Я также сделал отдельную секцию для сторонних приложений и закидываю их в папку apps2:

'apps_paths' => array(
	0 => array(
		'path'=> '/var/www/owncloud/apps',
		'url' => '/apps',
		'writable' => true,
	),
	1 => array(
		'path'=> '/var/www/owncloud/apps2',
		'url' => '/apps2',
		'writable' => true,
		),
	),