Дело не в API, вам надо написать новый метод оплаты, за основу можно взять стандартный - оплата при доставке, в котором к оплате выставляйте только стоимость доставки, а в него уже уже подключайте rbspayment, ну или тупо ломом выпилите из плагина оплаты total_amount и замените его на shipping_amount
